阴茎短小的危害主要有：1、造成较大的心理压力，阴茎短小给患者精神上和心理上带来很大的压力，许多阴茎短小患者不敢在人多的时候小便，未婚时怕进集体浴池洗澡等，婚后由于性生活不和谐，常受妻子的歧视。这样常年的积累会造成性格上的压抑，心理异常;2、一些器官发育也受累，阴茎短小是一种较普通的先天性异常，阴茎长度比同龄人小2个标准差(cm)。此病与体内睾丸酮缺乏有关，睾丸酮缺乏是激素靶器官发育不良的结果。常伴有睾丸发育差，下降不全;3、导致性生活不和谐，不能够满足女性的需求，不能够和谐的进行性生活。严重的能影响到家庭的和谐，导致家庭生活破裂;4、影响生育能力，下丘脑分泌的黄体生成素释放激素(LHRH)减少。阴茎短小者影响正常夫妻生活、丧失正常生育能力。