主要区别：
(1)申请保障性商品房不受收入和资产限制;经济适用房受到收入与资产的限制.
(2)保障性商品房售价中包含基准地价，价格高于经济适用房，转让时经济适用房原购买价格与相应地段社会保障性住房上市交易指导价差价的90%向政府缴交增值*，而保障性商品房仅需向政府缴交60%的增值*.上市交易指导价由市政府定期制定发布.
(3)经济适用住房的申请对象是低收入住房困难家庭,保障性商品房的申请对象是非低收入无住房家庭.
(4)申请经济适用住房的家庭应申报收入和资产,并应符合家庭收入和资产控制标准,经济适用住房和保障性商品房的价格组成不同,即对低收入家庭和非低收入家庭实行不同的销售价格.