协议出让与挂牌出让主要有三方面的区别：
1,适用范围不同(土地类别)，这是两者最重要的区别.<招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定>明确了招标拍卖挂牌的范围，即：商业,旅游,娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标,拍卖或者挂牌出让.除此之外的其他类型用地(主要有：工业,仓储,或其他重点扶持的项目用地)可以协议出让.在政策执行概念上可以这样理解：挂牌出让为土地出让的一般，协议出让是土地出让的特殊.
2,土地使用权出让金定价不同.协议出让是政府与土地使用者协商定价的，而挂牌出让则是社会公开竞价.
3,土地出让价的限定原则不同.协议出让土地的价不得低于土地有偿使用费,征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%;挂牌出让的土地其起拍价就是价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的.