集体土地使用权纠纷做出以下对策：
一是出台政策，解决历史遗留问题。针对企业改制、农民街建设过程中遗留的土地问题，建议政府组织人员进行专项调研，制定切实可行的政策，通过补交合理的费用、补办土地征用、出让手续，使土地使用合法化、房屋产权合法化，彻底解决该类问题。
二是加强监督，规范利用集体土地。加强土地使用过程中的监督检查力度，对不规范用地行为，及时采取有效的制止措施。要纠正先用后征、以租代征等土地使用过程中的不规范行为，切实保护耕地。
三是加强协调，妥善处理土地问题。要建立、健全涉集体土地纠纷解决机制，充分利用行政调解、行政裁决、民间调解等纠纷处理机制，妥善处理因使用农村集体土地而产生的纠纷。